* Les outils de base (enzymes, plasmides oligonucléotides)
* Techniques de clonage de gènes (avec ou sans enzymes de restriction)
* Expression de protéines chez des bactéries ou levures.
* Analyse d’un gène et de sa fonction (séquençage, études d’interactions protéines-protéines, méthodes d’étude de l’expression d’un ou plusieurs gènes, mutagenèse dirigée..)
* Réalisation d’une revue bibliographique entrant dans le champ thématique de l’ingénierie génétique (édition de génomes, ingénierie de microorganismes, techniques de métagénomiques, expression de gènes, ingénierie des plantes etc.). Présentation orale d’un des articles analysés dans la cadre de la revue à l’ensemble de la classe.
* Techniques d’ingénierie rationnelle et combinatoire des protéines.
* Outils informatiques de traitements des séquences (analyse des bases de données génomiques et protéiques, alignements multiples de séquences protéiques, édition d’arbres phylogénétiques et clusterisation des séquences par approche SSN) et de structure 3D des protéines et de docking moléculaire (Pymol, AutoDock). Etude de cas : oxido-réductases
Génie génétique et ingénierie enzymatique
Description
Objectifs
A la fin de ce module, l'étudiant devra avoir compris et pourra expliquer (principaux concepts) : - Les outils et méthodes de base utilisés en génie génétique (enzymes de restriction, vecteurs, clonage, PCR, séquençage, construction de banques d'ADN, mutagenèse, analyse de l'expression et de la fonction de gènes..) L'étudiant devra être capable de :
- Les principales approches d'ingénierie génétique utilisées en biologie synthétique
- Les outils numériques d'analyse bioinformatique pour i) l'analyse des séquences primaires des protéines (sur grands jeux de données) et la recherche de motifs structuraux signatures de spécificité ii) l'analyse des structures 1D, 2D, 3D des protéines iii) la compréhension des mécanismes d'action et l'ingénierie des catalyseurs.
- Les méthodes de recherche bibliographique dans les bases de données scientifiques pour réaliser une synthèse et un exposé bibliographique.
- Décrire et/ou résumer les différentes techniques de base et être capable de placer ces techniques dans un contexte scientifique et/ou expérimental plus large
- Connaître et présenter différentes approches et méthodes entrant dans le champ de l'ingénierie génétique
-utiliser un logiciel de clonage « in silico »
- Réaliser des expériences de biologie moléculaire dans des systèmes hôtes bactéries ou levures
- Décrire les méthodes d'analyse bioinformatique des structures protéiques (alignement de séquences, logiciel de graphisme et modélisation moléculaire). Utiliser ces outils pour la compréhension des relations structure activité et l'ingénierie des enzymes.
- Connaître et utiliser les bases de données pour la recherche d'articles scientifiques
- Construire et rédiger une étude bibliographique
Pré-requis
Microbiologie, Biochimie structurale
Biologie moléculaire de base
Évaluation
L’évaluation des acquis d’apprentissage est réalisée en continu tout le long du semestre. En fonction des enseignements, elle peut prendre différentes formes : examen écrit, oral, compte-rendu, rapport écrit, évaluation par les pairs…
En bref
Crédits ECTS :
Nombre d’heures :
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